Brønnbåter har rum – eller «brønner» – 
där friskt sjövatten cirkulerar, så att fisken kan föres levande från fiskodlingen till fiskförädlingsfabrikerna, eller tvärtom från kläckeriet till odlingen.
Vattnet cirkuleras med hjälp av båtens fart genom vattnet og intag framme i brønnen där vattnet blir pressat in och ventiler i akterkant där vattnet blir pressat/sugs ut. Lax och annan fisk kan också föras i så kallat «stängt system». Det vill säga att man inte cirkulerar med nytt vatten, men att brønnen är stängd og vattnet recirkuleras med hjälp av ett pumpsystem där det tillsätts oxygen i vattnet. 
Vid stängd transport är det viktigt at man får luftet ut CO2 som bildas. Dette görs med hjälp av ett eget system där vattnet pumpas upp i en «luftekasse» där vattnet rörs upp og CO2 frigörs.
Ibland görs även räkning av fisken i odlingskassarna. Då pumpas fisken från odlingskassen upp på båten och genom en automatisk räknemaskin och ner i en ny odlingskasse.
